Наука и технологии России

Вход Регистрация

Биологи и информатики в одном переплёте

«Напишите, что здесь классная столовая», – в шутку просят меня ребята, уплетая за обе щёки и сетуя на то, что я не снимаю их всеобщего веселья на видео. Сейчас обеденный перерыв, и они смеются над интернет-демотиваторами про Евклида и обсуждают репетиции «Бориса Годунова» для местного театрального кружка, который пару раз в год выпускает спектакли. Вспоминают: «В прошлый раз были Бунин, Пастернак, Цветаева...» Режиссирует спектакли их наставник и член-корреспондент РАМН Вадим Маркович Говорун. Он же – профессор и руководитель отдела молекулярной биологии и генетики, а эти ребята – молодые учёные НИИ физико-химической медицины ФМБА РФ, которые после того, как я уйду, вернутся к своим исследованиям метагенома кишечника.

Молодые учёные-биоинформатики за работой

Мультидисциплинарные динозавры

После обеда мы поднимаемся на самый верх, который населяют полтора десятка молодых людей: «На пятом этаже – биоинформатика, об этом знают все», – поясняет Александр Тяхт, который как научный сотрудник долгое время формально состоял в лаборатории протеомного анализа, но, по собственному признанию, «даже в геномике смыслит больше, чем в протеомике». Дело в том, что по образованию он системный программист-математик – в 2005 году окончил факультет вычислительной математики и кибернетики МГУ, а в НИИ ФХМ фактически работает в группе биоинформатики, которая приобрела статус лаборатории всего около месяца назад: до этого все ребята в ней были приписаны к разным подразделениям.

По мнению Александра и почти всех, с кем я успела пообщаться, то, что во всём институте большая часть молодёжи, особенно важно для рабочей атмосферы. «У нас мало даже тех, кто старше тридцати, – говорит Владимир Наумов, прежде сотрудник лаборатории генетики человека, а ныне биоинформатик. – Здесь нет ощущения, что российская наука обеднела. Не хватает разве что баланса – людей среднего возраста, но зато мы вынуждены подтягиваться: нам надо быть серьёзнее».

Владимир_Наумов Владимир Наумов чувствует себя свободным на стыке многих наук

Владимир пришёл сюда сразу после учёбы во «втором меде». Свой диплом он делал на кафедре генетики и искал, где ему работать с этой темой дальше, – так попал в НИИ ФХМ, через привычные резюме и собеседование. А биоинформатикой увлёкся уже в процессе работы, хотя до сих пор занят во многих проектах: «В зависимости от того, в каком проекте я сегодня, могу что-то руками делать – это называется “мокрой работой”. Но мне нравится программирование и визуализация – чтобы было красиво. Я вообще чувствую себя свободным на стыке многих наук. Мне не хотелось бы сузиться до какой-то темы вроде изучения рецепторов подводных микроорганизмов. В этом смысле я большой фанат швейцарского учёного Жоржа Абу-Жоде – я слышал его выступление в Казани, на конференции «Постгеном-2012». Он считает себя одним из немногих оставшихся мультидисциплинарных динозавров, то есть не углубляется в какую-то конкретную область. Мне это нравится, хотя своё биологическое образование я считаю только преимуществом».

Однокурсники в Физтехе, соседи в общежитии и коллеги Владимира в группе биоинформатики – Борис Коварский и Илья Алтухов – наоборот, постепенно «втянулись» в биологию. «Другая сфера рождает дополнительный интерес», – считает Борис, который «делал бакалаврскую» в Институте общей физики им. Прохорова, а затем работал в Институте высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН. В НИИ ФХМ его позвал Илья – он уже на третьем курсе Физтеха интересовался биологией и программированием, пробовал работать в НИИ скорой помощи им. Склифосовского, но интересной работы для себя там не нашёл: «Потом перед нами выступил Дмитрий Глебович, молодой и активный. Он сразу дал кучу задач, и поначалу было вообще ничего не понятно».

Дмитрий_Глебович Биоинформатикой на пятом этаже руководит Дмитрий Глебович

Дмитрий Глебович Алексеев, о котором упомянул Илья, – кандидат биологических наук и также выпускник МФТИ, где читает альтернативный курс по биоинформатике. Он стоял у истоков пресловутой лаборатории на пятом этаже, а теперь возглавляет её и, если верить ребятам, организует в ней всё и вся – в том числе практические занятия для студентов. «К нам приезжали ребята из нового Института фундаментальной медицины и биологии Казанского университета, – рассказывает Александр Тяхт. – Мы читали им лекции по биоинформатике, проводили семинары-тренинги». Самим молодым учёным НИИ «для общего развития» лекции читают уже академики – например, член-корреспондент РАН, академик РАМН биохимик Георгий Борисович Смирнов. К тому же, как гласит один из разделов официального сайта института, молодые учёные каждую субботу встречаются «за чашкой утреннего чая в самой уютной аудитории НИИ» и разбираются в новой проблеме молекулярной биологии: «Мы спорим, шутим, а главное – фантазируем…»

Александр_Тяхт Александр Тяхт: «Биоинформатика только начинает запускать свои руки в дела человеческие»

«Работать у нас, может быть, не так весело, как в баре, – с серьёзным лицом заявляет мне Александр. – Конечно, можно уйти в консалтинг, в банк аналитиком или на промышленное предприятие, но здесь я чувствую, что нахожусь в правильном месте, где происходит что-то действительно важное. Когда я пришёл, мы сидели в маленькой комнате, потом переместились в комнату побольше, а сейчас у нас целый этаж – фронт работ широкий, мы выдаём научный результат, поэтому у нас есть финансирование и мы можем себе позволить рост и приглашать новых и новых людей».

Кто запускает руки в дела человеческие

До прихода в НИИ ФХМ Александр Тяхт занимался анализом данных и визуализацией – в том числе для автоматической диагностики рака груди, поэтому биолого-медицинская тематика ему близка: «В школе биология представлялась мне совсем иначе. Раньше можно было поставить какой-то небольшой эксперимент, подвести статистику и сделать выводы, но за последние 100 лет у биологов многое изменилось. Особенно это связано с таким перспективным направлением, как молекулярная биология – благодаря ей появились высокопроизводительные методы и исследования, которые оперируют большим объёмом данных. С ними невозможно совладать с помощью бумажки. Да и в компьютере не хватит одной таблицы, чтобы что-то сразу увидеть. Поэтому данные нужно проверить на достоверность и затем визуализировать, чем я и занимаюсь. Мне привычно работать с данными, формулами и цифрами и думать, как правильно изобразить огромное количество чисел».

Сейчас он и его коллеги, не только из биоинформатики, озадачены проектом, посвящённым онкологическим заболеваниям кишечника. Ребята готовят большую статью в журнал – зарубежный, потому что «даже те наши журналы, которые переводятся, никто не читает». «Наша общая работа выглядит обычно так, – рассказывает Владимир Наумов. – Мы придумываем эксперимент: хотим сравнить двадцать опухолей с двадцатью соответствующими образцами нормальных тканей. Достаём материал, выделяем из него ДНК, обрабатываем. Прибор, на котором делается эксперимент, находится в нашем геномном центре, и полученные с него данные перемещаются к нам, сюда. Здесь мы их обсчитываем, представляем, делаем выводы».

По словам Тяхта, основная тема сегодня – это поиск рисков заболевания: «Поскольку мы имеем отношение к медицине, мы заинтересованы не только в фундаментальных вещах, но и в создании лекарств и новых методов лечения. Скоро подешевеют услуги полного геномного анализа, уже сейчас потенциальным родителям можно узнать, насколько им будет безопасно завести ребёнка. Появятся и доступные тесты на определение наличия некультивируемых бактерий в кишечнике, и в зависимости от типа микрофлоры кишечника можно будет назначить лечение».

Биоинформатику Александр считает многогранной наукой: «Ты можешь быть биоинформатиком и программировать базы данных для биологов, изучать тексты. Помимо прочего, мы, например, пишем программы, которые автоматически распознают на фотоснимке пятна, в виде которых проявляется успешное связывание белка. Вообще биоинформатика только начинает запускать свои руки в дела человеческие».

В лаборатории протеомного анализа

Я покидаю пятый этаж, и Владимир провожает меня вниз, в лабораторию протеомного анализа. Спускаясь по лестнице, мы встречаем ещё одного молодого учёного. «Не хочешь интервью дать?» – спрашивает у него Владимир. «Мне ещё отчёт писать», – отвечает неизвестный и удаляется. А мы по дороге в лабораторию заглядываем в холодильники, стоящие в коридорах, в поисках каких-то образцов. Сверху я замечаю коробки с надписью «Озёрск».

Наука из любопытства

В лаборатории протеомного анализа моим экскурсоводом становится Алексей Горбачёв – он ведёт меня по коридорам и комнатам и, будто на экспонаты, указывает на молодых сотрудников: «Вот одна молодёжь, вот другая…» Про биоинформатиков Алексей отшучивается: «У них там высоко, кислорода мало – разум затуманен». Сам он, вероятно, на окружающую обстановку смотрит более реалистично: «На сегодняшний день у нас самый оборудованный институт среди НИИ – по крайней мере, в Москве. Это одно из двух-трёх мест во всей стране, где можно секвенировать геномы. В Европе таких десятки и сотни, поэтому у них возможна активная коллаборация между Испанией, Австрией, Германией, а мы пытаемся что-то сделать в рамках одного института».

Алексей_Горбачёв «Заниматься наукой в России – это преодоление больших барьеров и настоящий вызов», – Алексей Горбачёв

Основным конкурентом для своей лаборатории Алексей считает барселонскую группу Луиса Серрано, которая тесно сотрудничает с Европейской молекулярно-биологической лабораторией в Хайдельберге. «По тем ресурсам, которые есть у них, мы, конечно, проигрываем, – полагает Алексей. – Например, у нас три секвенатора, а у них 30. У них готовая инфраструктура, для них писать статьи в самые престижные журналы – это обычное дело, а для нас всё это преодоление больших барьеров и настоящий вызов. Возможно, поэтому мне хотелось бы обыгрывать их здесь, в России».

Проблему отечественной науки молодой учёный видит в недостатке вузов, которые готовили бы хороших специалистов. По своей тематике такие вузы он перечислил по пальцам – биофак, химфак, факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ, медико-биологический факультет РГМУ… «А у них есть практически в каждом городе», – сам Алексей закончил кафедру молекулярной биологии университетского биофака, которая, по его словам, всегда считалась одной из самых выездных: «90% уезжали».

«По своим бывшим однокурсникам я вижу, что массово перестали уезжать лет шесть-семь назад, – вспоминает Алексей. – Думаю, появилось стойкое ощущение того, что ты не будешь прозябать без денег и оборудования. Вот сейчас у нас есть Дмитрий Камашев, или, как мы его называем, Джим, – он вернулся из Франции. Но мне лично зарекаться и бить себя в грудь, что я на всю жизнь здесь останусь, не хочется. Кто говорит иначе – тот, по-моему, лукавит».

Нашу беседу прерывает коллега Алексея, и я на время остаюсь одна возле его рабочего стола, на котором среди бумаг лежат авиабилеты из Франкфурта-на-Майне. Вернувшись, Алексей поясняет, что он недавно побывал на конференции по системной биологии в Хайдельберге – в той самой Европейской молекулярно-биологической лаборатории, затем показывает мне прибор QX100, который первым появился в России именно в НИИ ФХМ и, между прочим, «работает, а не пылится».

Перед уходом я интересуюсь у Алексея, а зачем, по его мнению, люди вообще занимаются наукой, если это вполне может не принести им ни богатства, ни славы и признания. «Всё из любопытства, – ответил он мне не задумываясь. – Иначе это было бы что угодно, но не наука».

РЕЙТИНГ

4.00
голосов: 10

Галереи

Открытие Международного аналитического центра в Институте органической химии им. Зелинского РАН

8 октября 2012 года в ИОХ им. Зелинского РАН состоялось торжественное открытие международного аналитического центра – совместного проекта Российской академии наук, компании Analytik Jena и компании Interlab.
В центре установили атомно-абсорбционный спектрометр, который позволит с помощью одной лампы одновременно определять более 67 химических элементов. Подобный метод, как и метод прямого анализа твёрдых проб в атомной абсорбции, практикует исключительно компания Analytik Jena. Изыскания центра обещают быть полезными для токсикологии, нефтеперерабатывающей промышленности и металлургии. В центре будут разрабатываться новые методики анализа биологических образцов, образцов металлургической и горнодобывающей промышленности, образцов почв.
В торжественной церемонии открытия приняли участие премьер-министр земли Тюрингия ФРГ Кристине Либеркнехт, министр экономики Тюрингии Маттиас Махниг, директор ИОХ РАН академик Михаил Егоров, президент компании Analytik Jena Клаус Берк и президент компании Interlab Александр Веденин.

14 фото

Обсуждение